機械攪拌發酵罐混合更均勻，易于擴大生產。與氣舉式相比，較小的100L-200L種子罐通常也可以滿足要求，但較大的發酵罐采用機械攪拌方法。例如，3,000立方米燃料乙醇發酵罐使用四個側面進行攪拌，而其中一個大約為300立方米。通常使用更多的垂直攪拌。

機械攪拌發酵罐具有以下優點：

1、變速攪拌能很好地適應發酵過程中不同生長時期攪拌速度的不同要求，不僅節省攪拌所消耗的電能，而且發酵罐生產多種產品..同時，如果介質采用固態罐滅菌工藝，緩慢的攪拌可防止由于缺乏通風而產生的過多的攪拌電流而導致電機燒毀。

2、機械攪拌的發酵罐是發酵設備的常見類型之一。利用機械攪拌器的功能，將空氣和發酵液充分混合，促進氧的溶解，并可靠地提供微生物生長，繁殖和代謝所需的溶解氧。攪拌渦輪用于輸入混合和相間傳質所需的功率。從牛頓流體到非牛頓絲狀細菌發酵液，這種類型的反應器是適應的，可以根據實際條件和需求提供更高的傳質速率和所需的混合速率。